自行開車： 臺南市新市區南科二路12號，周邊設有停車場
大眾運輸：
臺鐵
(1)臺鐵南科站：由西側出入口出站後右轉步行至橋下，轉乘免費園區巡迴巴士藍線(南環線)進入南科臺南園區，並於「S2育成中心站」下車。
(2)搭乘計程車直接抵達南科育成中心。
高鐵台南站
(1)臺鐵：搭乘臺鐵沙崙線至「臺鐵南科站」，轉乘免費園區巡迴巴士南環線(藍線) ，並於「S2育成中心站」下車。
(2)園區免費巡迴巴士：高鐵台南站一樓車站大廳2號出口至3號公車月台，轉乘園區巡迴巴士-高鐵線(綠線)進入臺南園區。接駁車班次約1小時一班車，單趟行駛時間約 40 分鐘。
最新時刻表請參考 https://www.stsp.gov.tw/web/WEB/Jsp/Page/cindex.jsp?frontTarget=DEFAULT&thisRootID=693#fsb 。
本中心停靠站點為「育成中心」，行駛路線為「南環線(藍線)」、「高鐵線及高鐵假日線(綠線)」。
(3)搭乘計程車直接抵達南科育成中心。