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行政院國家科學委員會為有效推動我國震災科技之研究與發展，擇定於國立台灣大學校園內，設立國家地震工程研究中心，於民國七十九年正式開始籌建工作，其中建築經費由台灣大學支應，設備及爾後每年之運作經費則由國科會編列，並以專案委託研究方式撥付國立台灣大學管理。本中心歷經多年之籌建，至民國八十七年六月底始正式完成全部之籌建工作，其設立之宗旨為設置地震模擬試驗室，利用大比例尺或足尺寸靜動態試驗方式，提昇與落實地震工程之研究。另外也結合國內外與地震工程有關之學者及工程師，從事有關地震工程之基本研究和應用研究，分別從理論或試驗方面解決國內工程界之耐震問題，帶動地震工程科技研究之創新，提升學術研究地位。並同時配合震前準備、震時應變、震後復建之需要，整合國內學術資源，執行整合型計畫，發展地震工程新技術，以減輕地震災害損失為最終目的。
為使國家實驗研究單位能充分發揮效能，增加組織運作之靈活性，國科會於民國八十二年十月完成「財團法人國家實驗研究院設置條例」草案，於民國八十七年十二月經行政院核定，於民國九十一年五月立法院通過後，本中心正式於九十二年六月由國科會所屬單位轉型為財團法人組織型態，為本中心目前設置之依據。
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